OSIS adalah Orgasasi Siswa Intra Sekolah. Sesuai dengan namanya, OSIS adalah satu-satunya organisasi siswa yang sah di sekolah. Oleh karena itu setiap sekolah wajib membentuk Osis, yang tidak menjadi bagian atau alat dari organisasi lain yang ada di luar sekolah. Menyadari betapa penting dan sentralnya peran OSIS di sekolah, maka bertempat di halaman sekolah, Selasa, 30 November 2021 dilakukan acara pelantikan Badan Pengurus OSIS SMP swasta Katolik St. Aloysius Niki-Niki. Pelantikan dilangsungkan dalam upacara bendera bersama seluruh warga sekolah. Bertindak sebagia Pembina upacara, sekalgus pelantik adalah Kepala Sekolah SMP Swasta Katolik St. Aloysius Niki-Niki, Rm. Milikhiur Tamelab,Pr.S.Fil. Dalam amanatnya, Romo Melky berpesan kepada Badan Pengurus OSIS agar agar sungguh-sungguh melaksanakan janji yang telah mereka ucapkan, terlebih agar mereka menjadi contoh dan teladan bagi peserta didik yang lain. Juga beliau mengharapkan agar pengurus OSIS dapat menjalankan peran dan fungsinya sebagai wadah untuk mengembangkan bakat dan kemampuan peserta didik. Pengurus OSIS  berperan dalam hal mengorganisir kegiatan-kegiatan ekstrakurikuler, yang mana melalui kegiatan-kegiatan tersebut bakat dan kemampuan peserta didik yang lain makin ter-asa dan berkembang. Di samping itu juga, para pengurus OSIS hendaknya menjadikan kepercayaan/jabatan ini sebagai ajang/kesempatan untuk belajar menjadi pemimpin yang baik.

Yang menjadi Badan Pengurus OSIS SMP Swasta Katolik St. Aloysius Niki-Niki, Periode 2021/2022 adalah,

Pembina OSIS: Bapak Depstra K. Tefa,S.Pd;

Ketua OSIS: Cintia Pasapan

Wakil OSIS: Jefrianto Poli

Sekretaris: Okdar Dimu Heo

Bendahara: Alicia Ladjar

Seksi Pembinaan dan Ketaqwaan Terhadap Tuhan Yang Maha Esa: Ketua: Nefeg Abanat, dan 6 anggotanya: (Maria Tjung lake, Maria Atawolo, Yolanda Tae, Maria Sesfao, Devidro Boimau, Ervando Kamlasi)  

Seksi Pembinaan Budi Pekerti Luhur : Ketua: Carli Anoit dan 6 anggotanya: (Astiana Taneo, Kesia Misa, Abigail Un, Yirna Finit, Donarki Leo, Devan Tkesnay)

Seksi Pembinaan Kepribadian Unggul, Wawasan kebangsaan dan Bela Negara: Ketua: Melania Monteiro dan 5 anggotanya: (Rizaldino Sumilat, Dewi Lulan, Jevan Nenosaet, Anjelita Monteiro, , Anisa Tan).

Seksi Olahraga dan Kesehatan: Ketua: Simplisiano Sakunab dan 5 anggotanya: (Dimas Sila, Davin Tan, Brenli Wonokay, Jeni Isu, Deven Manu).

            Sekedar untuk diketahui, badan pengurus OSIS yang dilantik kali ini, tidak dilanjutkan dengan serahterima dari pengurus lama. Berhubung pandemi Covid-19, maka kesinambungan badan pengurus OSIS terhenti dalam 2 tahun terakhir. Sesudah pelantikan, dilanjutkan dengan foto bersama pengurus dan bapak ibu guru dan pegawai.